Фамилия Сагынаев — тюркская по происхождению, и её разбор стоит начать не с корня, а с географии и суффикса. Суффикс -ев указывает на русскую модель оформления фамилий, которая в XIX—XX веках закрепилась у многих народов Поволжья, Урала, Сибири и Средней Азии при паспортизации. Сагынаев — это русифицированная форма тюркской фамилии, где к основе Сагын добавлен русский патронимический суффикс. В исконном виде она могла звучать как Сагынай или Сагынов.

Основа Сагын восходит к тюркскому слову «сагын» — тоска, дума, размышление, или к глаголу «сагын-» (тосковать, скучать, думать). В казахском, башкирском, татарском и киргизском языках это слово имеет одинаковое звучание и смысл. Соответственно, прозвище Сагын или Сагынай могли дать человеку задумчивому, меланхоличному, либо тому, кто долго отсутствовал и по нему скучали. Возможна и вторая версия: у некоторых тюркских народов «сагын» — это личное имя, образованное от того же корня, но с пожелательным смыслом «пусть помнят», «пусть тоскуют». Имя Сагын известно среди казахов и башкир, а фамилия Сагынаев — его производная.

Регионально фамилия Сагынаев чаще всего встречается в Казахстане, Башкортостане, Татарстане, а также среди казахов Оренбургской и Астраханской областей России. Встречается и у киргизов, но реже. Социальный контекст: предки носителей фамилии, скорее всего, были скотоводами или земледельцами, поскольку тюркские личные имена редко давали прозвища знати. Фамилия не относится к аристократическим — её носили простые кочевники и крестьяне, получившие постоянную фамилию при переходе к оседлости.

Сравнение с однокоренными фамилиями: Сагынов, Сагынбаев, Сагындыков. Все они построены от той же основы, но с разными суффиксами: -ов, -баев, -дыков. Сагынаев выделяется тем, что суффикс -аев (от тюркского -ай) характерен для имён, оканчивающихся на гласный или мягкий согласный. Если бы исходное имя было Сагын, фамилия звучала бы как Сагынов. А форма Сагынаев говорит о том, что в основе лежало имя Сагынай — уменьшительно-ласкательный вариант.

Споров о происхождении фамилии почти нет: все исследователи сходятся на тюркском корне «сагын». Слабая версия, что фамилия связана с арабским «сагын» (в значении «второй»), не подтверждается ни фонетикой, ни географией бытования.