Фамилия Сагынбек — редкий случай, когда тюркское имя стало фамилией практически без изменений, без русских суффиксов -ов/-ев или -ин. В русской среде такие фамилии обычно называют «неоформленными»: они застыли в той форме, в которой бытовали у носителей, и не адаптировались под модель «чей сын?» (Иванов — сын Ивана). Это сразу указывает на позднее возникновение фамилии и на то, что её носители — выходцы из тюркоязычных регионов, где фамилии в современном понимании закрепились только в советское время.

Основа фамилии — составное мужское имя Сагынбек, которое распространено у казахов, киргизов, отчасти у узбеков и каракалпаков. Оно складывается из двух частей. Первая — «сагын» (от тюркского «сагын» — тоска, дума, или от глагола «сагыну» — тосковать, скучать). В именах этот корень часто передаёт смысл «желанный», «долгожданный»: родители назвали так ребёнка, которого ждали долго или после потерь. Вторая часть — «бек» (тюрк. «bäk» — господин, князь, правитель), один из самых частых компонентов в именах знати и военной верхушки кочевых тюрков. Вместе имя Сагынбек можно перевести как «желанный господин» или «долгожданный правитель».

С точки зрения социального происхождения, носители такого имени в прошлом почти наверняка относились к привилегированным слоям — потомкам беев или старшин. В казахской и киргизской родоплеменной иерархии «бек» указывало на человека, имевшего власть или землю, пусть и на локальном уровне. Однако фамилией Сагынбек стали записывать не только прямых потомков беев, а всех, кого так звали по имени — при переписях и паспортизации в 1920–1930-х годах имя просто перенесли в графу «фамилия».

Особенность фамилии в том, что её практически невозможно спутать с русскими или славянскими фамилиями из-за отсутствия суффикса и характерного звучания. Встречается она преимущественно в Казахстане, Киргизии, а среди русскоязычных — в среде потомков переселенцев из Средней Азии. В России фамилия редкая, и если она у человека с европейской внешностью, это почти наверняка указывает на смешанные браки или усыновление.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе нет, но в тюркском ряду есть параллели: Сагындык, Сагынтай, Сагынгали — все они построены вокруг того же корня «сагын» с разными уточняющими компонентами.