Фамилию Саксанов обычно относят к числу тюркских по происхождению, хотя её русская форма — с типичным патронимическим суффиксом -ов — указывает, что носитель давно обрусел. В основе лежит тюркское слово «саксан»: так называли сороку. Прозвище Саксан, скорее всего, дали человеку за характерную внешность — пестрый, рябой, или за манеру поведения: болтливый, суетливый, крикливый. В тюркской среде прозвища по птицам были распространены, и сорока не исключение.

Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых тюркских языках «саксан» означало «скорый», «проворный». Если так, прозвище могло характеризовать расторопного работника или гонца. Но первая версия — с сорокой — встречается в словарях чаще и считается основной.

С точки зрения словообразования, фамилия Саксанов — типичный пример, когда тюркское прозвище (Саксан) обрусело через добавление русского суффикса принадлежности -ов. В документах XVII–XVIII веков на южных рубежах России, в Поволжье и Приуралье, фиксировались люди с именем или прозвищем Саксан — как правило, служилые татары, казаки или крестьяне, перешедшие в православие. Именно в этих регионах фамилия встречается и сегодня, хотя и нечасто.

Интересно, что у фамилии есть близкий «родственник» — Саксаев. Разница в суффиксе: -ев указывает на основу, оканчивающуюся на мягкий согласный или «й». В данном случае оба варианта могли возникнуть от одного прозвища, но в разных говорах или при разной записи в документах. Это лишний раз подтверждает, что фамилию Саксанов не стоит путать с географическими названиями вроде Саксагань — там корень другой.