Фамилия Саканов по своему строению — типичная русская фамилия на -ов, образованная по патронимической модели: от личного имени или прозвища с помощью суффикса принадлежности. Вопрос в том, что легло в основу: тюркское имя или прозвище, связанное с животным миром.

Наиболее вероятная версия — происхождение от тюркского имени Сакан. В тюркских языках слово «сакан» (или «сакъан») имеет несколько значений. В казахском и татарском языках «сакан» — это название сайги, степной антилопы. Прозвище Сакан могли дать быстрому, осторожному человеку или тому, кто промышлял охотой на этих животных. Менее распространённая, но возможная версия — от арабского имени Сакан (в значении «спокойный, тихий»), которое через исламскую традицию могло попасть в тюркскую среду.

География фамилии Саканов указывает на её преимущественное распространение среди народов Поволжья и Приуралья: татар, башкир, а также казахов. В русском ономастиконе эта фамилия — результат обручения тюркской основы: к имени Сакан добавили русский патронимический суффикс -ов, что в XVIII–XIX веках было обычной практикой при крещении или переходе в православие, а также при составлении метрических книг для инородцев.

Таким образом, предок носителя фамилии Саканов, скорее всего, был тюркоязычным человеком, которого в окружении знали по имени или прозвищу Сакан. Фамилия сохранила память о степных корнях, а её русский суффикс говорит о довольно ранней интеграции носителей в русскоязычную административную и культурную среду.