Фамилия Сакан — редкий случай, когда прозвище или имя почти не изменилось при переходе в фамилию. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает на её позднее закрепление или нерусское происхождение. Скорее всего, перед нами пример «застывшей» формы, которая не подверглась стандартной обработке при записи в документах.

Самая вероятная версия — тюркская основа. В тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) слово «сакан» имеет несколько значений: «осторожный», «осмотрительный» либо «саклан» — «берегись», «храни себя». Прозвище Сакан могли дать человеку осмотрительному, предусмотрительному, возможно, старшему в роду, который предупреждал сородичей об опасности. В некоторых диалектах «сакан» — это ещё и название небольшого хищного зверька (вроде хорька или ласки), так что не исключён и «звериный» вариант прозвища: юркий, проворный, неуловимый человек.

Вторая версия — японская, но она менее вероятна для русской фамилии. В Японии «Сакан» (чаще «Сакаи») — топонимическая фамилия, означающая «колодец на склоне» или «граница». Однако носители Сакан в России, Украине и Белоруссии почти всегда имеют тюркские корни, а не японские. Если фамилия встречается у бурят или калмыков, возможен монгольский след: «сахан» — «красивый», «хороший», но это уже искажённое заимствование.

Географически фамилия Сакан сосредоточена в Поволжье (Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область) и на Северном Кавказе, а также встречается у крымских татар. В этих регионах она могла возникнуть как прозвище, которое при переписях записали без изменений — просто по имени или прозвищу главы семьи. В отличие от фамилий с суффиксами, Сакан не указывает на принадлежность к конкретному роду («чей?»), а сохраняет исходную характеристику самого человека: Сакан — значит «осторожный» или «хитрец».

Редкость фамилии объясняется тем, что она не вошла в дворянские родословные книги и не распространилась через помещичьих крестьян. Это фамилия простых людей — земледельцев, скотоводов, ремесленников, у которых прозвище закрепилось в быту и лишь потом попало в официальные документы.