Фамилия Саканин — редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. Чтобы понять её корень, нужно отталкиваться не от распространённых моделей, а от возможного прозвища или варианта написания. Скорее всего, в основе лежит слово «сакать» или «сакала», которые в южнорусских и украинских говорах означали «клянчить», «выпрашивать», «шататься без дела». Соответственно, Саканом могли прозвать человека, который надоедал просьбами или вёл праздный образ жизни. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «сын Сакана», то есть потомок человека с таким прозвищем.

Есть и другая, менее очевидная версия, связанная с фонетикой. Фамилия могла возникнуть как искажённая форма от других имён или прозвищ. Например, от имени Савва (через формы Савка, Савкин) или от тюркского имени Сакан, которое встречается у татар и башкир и означает «осторожный». В таком случае Саканин — это русифицированный вариант, адаптированный под славянскую модель с суффиксами -ов/-ин. Правдоподобность этой версии ниже, потому что фамилии на -ин от тюркских основ в центральной России встречаются реже, чем прозвищные.

Географически фамилия Саканин привязана к югу России и Поволжью. В дореволюционных метрических книгах и списках переселенцев она встречается в Воронежской, Тамбовской и Саратовской губерниях. Это косвенно подтверждает первую версию: в чернозёмных областях говоры были богаты на слова с корнем «сак-». Носители фамилии, скорее всего, были государственными крестьянами или однодворцами — людьми, которые несли сторожевую службу на границах, а не помещичьими крепостными.

Если сравнивать с однокоренными фамилиями, то Саканов встречается чаще, а Саканин — более редкий вариант, возникший, вероятно, в конкретном роду, где прозвище закрепилось именно в форме «Саканя» (с мягким окончанием), а затем перешло в отчество. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) эта фамилия не упоминается в основных списках, что говорит о её локальном, а не массовом характере.