Фамилия Саленек — редкая и неочевидная с точки зрения происхождения. В ней нет типичных русских суффиксов -ов, -ин или -ский, что сразу указывает либо на нерусскую основу, либо на нестандартную модель образования. Скорее всего, корень здесь — «сален-», а окончание «-ек» — это уменьшительный или принадлежащий суффикс, характерный для западнославянских языков (польского, чешского, словацкого). В польском суффикс «-ek» часто образует фамилии от прозвищ или личных имён: например, от основы «Sal-» (сокращение от Sławomir, Salomea) или от слова «sól» (соль). Таким образом, Саленек может означать «маленький Солёный» или «сын того, кого звали Сален».

Если же исходить из русской почвы, фамилия могла возникнуть как вариант более распространённой Саленков или Саленко, где конечное «-ек» — это результат местного говора или упрощения при записи. В таком случае основа восходит к прозвищу Саленый — то есть «запачканный салом», «сальный», либо к человеку, который торговал салом или работал с ним. В южнорусских и украинских говорах «сало» — один из центральных продуктов, и прозвища от него давали часто. Однако форма Саленек именно с мягким «-ек» встречается редко и может указывать на переселенцев из Польши или Беларуси, где такие фамилии более типичны.

Географически фамилия Саленек почти не встречается в центральной России. Единичные носители зафиксированы на западе страны и в Сибири — возможно, это следы ссыльных или переселённых крестьян. В польских архивах фамилия Salenek (или Saleniek) известна с XIX века в Подляшье и Мазовии. Таким образом, наиболее вероятная версия — западнославянское происхождение: от личного имени Саломон (Соломон) или от прозвища, связанного с солью. Версия с салом менее убедительна из-за отсутствия в русском языке уменьшительной формы «саленек» в значении «сальный».