Фамилия Салмыксова — редкий случай, когда основа слова не поддаётся однозначной славянской этимологии. Скорее всего, перед нами фамилия, образованная от прозвища или имени, которое пришло из тюркских или финно-угорских языков. Суффикс -ов- (в женском роде -ова) указывает на стандартную русскую патронимическую модель: «чей?» — «сын Салмыкса». Но вот сам корень «Салмыкс» — это загадка.

Наиболее правдоподобная версия связывает основу с тюркским словом «салма» (в переносном смысле — «тяжесть», «груз», «ноша») или «салмак» (в татарском и башкирском — «вес», «значимость», иногда «мера»). Конечный элемент «-ыкс» мог возникнуть как вариант произношения или адаптация тюркского аффикса (-лык/-лык, образующего существительные со значением качества). В таком случае Салмыкс — это человек, которого прозвали «грузным», «важным» или «осанистым», либо же прозвище относилось к его работе (например, весовщик на базаре). Есть и другая, менее вероятная гипотеза: происхождение от финно-угорского корня (ср. коми «сал» — «соль»), но тогда словообразовательная модель была бы иной.

Географически фамилия Салмыксова почти наверняка имеет корни в регионах активного русско-тюркского пограничья: Поволжье, Урал, южные области Сибири. В этих местах нередко возникали фамилии, где русский суффикс присоединялся к местному прозвищу. Интересная деталь: фамилия не зафиксирована в массовых боярских или дворянских списках, что говорит о её позднем возникновении — скорее всего, в XVIII–XIX веках, когда крестьяне и посадские люди получали фамилии по прозвищам.

Если сравнивать с однокоренными, то можно вспомнить фамилии Салманов, Салмакшин — они более распространены и имеют ту же тюркскую основу «салма». Салмыксова стоит особняком из-за редкого окончания «-ыкс», которое могло быть диалектным искажением или даже опиской в метрической книге. Таким образом, предок носительницы этой фамилии, вероятнее всего, был человеком, получившим прозвище Салмыкс за свой весомый характер или занятие, связанное с измерением тяжестей, и жил на восточных окраинах России.