Фамилия Самгинская — женская форма от мужской Самгинский, и её разбор сразу даёт ключ к происхождению. Суффикс -ск- указывает на то, что фамилия образована от географического названия: такую модель в русской ономастике называют «княжеской» или «дворянской», но на деле её массово носили и крестьяне, переселившиеся из определённого места. Основа «Самгин» почти наверняка ведёт к названию населённого пункта вроде Самгино, Самгинка или Самгинский хутор. Такие топонимы встречаются в центральной России и Поволжье, особенно в бывших владениях, где в основе лежало прозвище или имя Самга.

Корень «Самг-» — редкий и тёмный. Самая правдоподобная версия: это вариант тюркского имени или прозвища, например, от «самга» — в некоторых тюркских языках так называли ловчего сокола или человека с острым взглядом. В русских говорах слово не зафиксировано, но фамилии на -гин(-ский) нередко возникали на стыке с татарской и башкирской культурой, особенно в Казанской, Симбирской и Уфимской губерниях. Менее вероятно, но возможно, что «Самга» — это искажённое крестильное имя Самуил в народной форме Самойло, где «Самга» возникла как сокращение с тюркским суффиксом -га.

В отличие от фамилий на -ов/-ев, которые указывали на прямого отца, Самгинская буквально значила «родом из Самгина» или «принадлежащая к роду Самгинских». Носительницы этой фамилии — скорее всего, потомки крестьян или однодворцев, переселившихся из деревни с таким названием в другую местность. Дворянских родов с этой фамилией в родословных книгах не значится, что подтверждает её «географическое» крестьянское происхождение. Сейчас фамилия встречается редко, в основном в Поволжье и Западной Сибири, куда переселенцы уходили в XIX–XX веках.