Фамилия Самгинова — женская форма, а её основа, мужская фамилия Самгинов, встречается нечасто и привлекает внимание необычным звучанием. Чтобы понять её происхождение, нужно разобрать словообразовательную модель. Суффикс -ов указывает на типичную русскую патронимическую фамилию, то есть образованную от имени или прозвища отца. Основа здесь — «Самгин». А вот корень «Самг-» — самый интересный и спорный элемент.

Наиболее вероятная версия связывает фамилию с тюркскими корнями. В тюркских языках есть слово «самга» (или «самгыр») — так могли называть человека с крупным, выдающимся носом или, в переносном смысле, гордого, «носатого». Прозвище Самга (Самгыр) давали человеку с яркой внешностью, а от него уже по русской модели образовали фамилию Самгин — «сын Самги». Со временем, при русификации, конечный звук мог отпасть или измениться, что дало форму Самгин. Притяжательный суффикс -ов в фамилии Самгинов — более позднее наслоение, характерное для некоторых регионов (например, Поволжья или юга России), где фамилии на -ов вытесняли более ранние формы на -ин.

Вторая, менее распространённая гипотеза, отталкивается от календарного имени. В святцах есть редкое имя Самсон (в просторечии — Самсон, Самосон). В некоторых диалектах его могли сокращать до Самга — по аналогии с тем, как Варфоломей превращался в Варга. Но эта версия слабее: для такого сокращения нет устойчивых лингвистических параллелей, и имя Самсон давало фамилии Самсонов, а не Самгинов.

Географически фамилия тяготеет к регионам с сильным тюркским влиянием — Астраханская область, Татарстан, Башкирия, а также к казачьим областям (Дон, Урал). Предки Самгиновых могли быть выходцами из служилых татар, казаков или крестьян, получивших прозвище за характерную внешность. Встречается она и среди старообрядцев — там нередко сохранялись редкие и архаичные фамильные формы.

В написании фамилии возможна вариативность: в дореволюционных метриках можно найти Самгинъ, Самгиновъ, а в устной речи — ударение на второй слог (СамгИн) или на последний (СамгинОв). Современные носители фамилии Самгинова, скорее всего, унаследовали её от предка, которого в XVI–XVII веках прозвали Самгой — либо за нос с горбинкой, либо за неуступчивый нрав.