Фамилия Саминкин — редкий случай, когда суффикс выдаёт не столько профессию или характер предка, сколько его географическое происхождение. В русских фамилиях суффикс -ин обычно присоединяется к основам на -а, -я (Михаил — Мишин, Савва — Савин). Здесь же основа «Саминк-» явно содержит суффикс -к-, который в севернорусском и уральском наречии мог указывать на принадлежность к месту: «саминский» — «выходец из Саминки» или «живущий на Саминке». То есть фамилия скорее топонимическая, чем отчественная.

Сама основа восходит к гидрониму или названию поселения Саминка. Такие топонимы встречаются в Вологодской области (река Саминка, впадающая в Кубенское озеро) и в Карелии. Название происходит от вепсского или финно-угорского корня *sami — «саамский, относящийся к саамам». В древности так могли называть речку, у которой жили саамы, или поселение, основанное на месте их стоянки. Таким образом, предок носителя фамилии Саминкин — человек, переехавший с берегов Саминки в другую местность, где его прозвали «саминским» или «саминкиным».

Версия с прозвищем от слова «сам» (самостоятельный, своенравный) маловероятна: тогда бы фамилия звучала как Самин или Саминов. А форма с -к- устойчиво указывает на уменьшительно-принадлежное значение, характерное именно для северных говоров. Сравните с фамилиями Захаркин, Фомкин — там суффикс -к- усекает полное имя, но в «Саминкине» такого имени нет, значит, корень не личный, а местный.

В документах XVIII–XIX веков Саминкины встречаются в основном среди государственных крестьян Олонецкой и Вологодской губерний. Фамилия не была распространена широко, оставаясь локальной, что подтверждает её привязку к конкретному топониму. Сегодня носители рассеяны по России, но наибольшая концентрация по-прежнему на северо-западе — в Ленинградской и Вологодской областях.