Фамилия Самодайкин — редкая, но её устройство прозрачно. В основе, скорее всего, лежит прозвище или некалендарное имя Самодайка. Слово разбивается на части «сам» и «дай», что в народной речи означало человека самостоятельного, не любившего просить помощи, или, напротив, того, кто привык всё брать сам, не дожидаясь чужой инициативы. В русских говорах «самодай» — это тот, кто действует по своему усмотрению, сам себе хозяин. Прозвище могло закрепиться за крестьянином, который вёл обособленное хозяйство, или за человеком с независимым, даже своенравным характером.

Суффикс -кин указывает на принадлежность: Самодайкин — «сын Самодайки». Это типичная модель русских фамилий от прозвищ на -а/-я, распространённая в северных и центральных областях России. Форма Самодайка (а не Самодай) говорит о том, что прозвище было ласкательным или уменьшительным, а сама фамилия закрепилась в среде, где было принято называть людей по отцу с таким окончанием.

Встречается фамилия в Поволжье и в некоторых районах Сибири, куда переселенцы принесли её из центральных губерний. Вариантов написания, как правило, не было — фамилия фонетически устойчива и не искажалась в документах. Родственных фамилий с тем же корнем немного: Самодаев, Самодай, Самодайко. Все они восходят к той же модели «сам + дай», но Самодайкин — самая редкая и самая «патронимическая» по форме.

Сословно носители фамилии, судя по архивным данным, были в основном государственными крестьянами и однодворцами. Никаких дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что подтверждает её народное, прозвищное происхождение.