Фамилия Самохоткин — довольно редкая и необычная. Её основа — не имя и не профессия, а цельное прозвище, образованное от слов «сам» и «хотеть». Самохоткой в народе называли человека своевольного, поступающего только по своей воле, не слушающего чужих советов. В словаре В. И. Даля «самохотка» — это «своевольник, кто делает что по своей охоте, самодуром». Такое прозвище могли дать упрямому, независимому или просто очень самостоятельному человеку.

Словообразовательная модель прозрачна: основа «Самохотк-» плюс типичный русский суффикс принадлежности -ин, указывающий на «сына Самохотки». Фамилии на -ин обычно образовывались от основ на -а/-я, что в данном случае бесспорно: прозвище Самохотка дало Самохоткин. Важно не путать с фамилиями на -ов: здесь суффикс другой, и это сразу говорит о том, что предок звался именно Самохотка, а не Самохотко. Встречается и вариант Самоходкин, но это иная фамилия — от «самоход» (человек, который ходит сам, без помощи).

По социальному составу Самохоткины, скорее всего, крестьянского или мещанского происхождения. Прозвища с корнем «сам-» (Самодур, Самосуд, Самохвал) были распространены в среде, где ценили личную волю и независимость, но нередко давались с насмешкой. Фамилия встречается в центральных и северных регионах России, но точных статистических данных по её распространению в открытых источниках нет. В ономастических справочниках (например, у Б. Унбегауна) фамилия не выделяется как частотная, но её внутренняя форма — яркий образ, который легко восстанавливается без специальных разысканий.