Фамилия Самос — редкий случай, когда основа совпадает с географическим названием, но не обязательно ведёт к нему. Самое прямое и простое объяснение: перед нами прозвище, закрепившееся в качестве фамилии без дополнительных суффиксов. В русской традиции фамилии на -ов, -ин, -ский встречаются чаще, а бессуффиксные формы вроде Самос, Голос, Сокол — более древний пласт, характерный для прозвищ, которые перешли в фамилии в неизменном виде.

Корень «сам-» в русских говорах многозначен. Прозвище Самос мог получить человек самостоятельный, своенравный, «сам себе хозяин». В северных и сибирских диалектах «самос» — это и самодельная вещь, и человек, который всё делает своими руками, «сам-от» (самодел). Не исключено, что предок носителя фамилии был мастером-одиночкой, не признававшим артельного труда.

Версия с греческим островом Самос — самая эффектная, но и самая сомнительная. Фамилия могла появиться у выходца с этого острова, но в русской среде такие прямые топонимические заимствования без адаптации — редкость. Обычно греческие фамилии русифицировались через суффиксы (Самосов, Самосский). Поэтому версия с русским диалектным прозвищем выглядит правдоподобнее.

Интересно, что фамилия Самос встречается не только у русских, но и у украинцев, и у евреев. В еврейской традиции это могла быть аббревиатура или сокращение от имени Шмуэль (Самуил) — так называемые «ашкеназские» фамилии, образованные от первых букв или слогов. Но это уже совсем другая история, и для русской ветви фамилии такое происхождение маловероятно.

По сути, Самос — фамилия-прозвище, которая говорит о характере или образе жизни предка: независимый, самодостаточный, мастеровой. Она небогата на варианты написания и не имеет знаменитых носителей в истории, но зато хранит в себе живой отпечаток народной речи.