Фамилия Самощенков образована по русской модели с суффиксом -ов, который указывает на принадлежность: «чей?» — Самощенков, то есть сын или потомок Самощенка. Основа здесь — прозвище Самощенок. Суффикс -енок (в диалектном произношении часто переходивший в -онок, -енко) в восточнославянских говорах имел значение «молодое существо» или «детёныш»: так называли молодого человека, парня, а в некоторых регионах — сына по отцу. Таким образом, Самощенок — это «младший Самоха», а Самоха, в свою очередь, уменьшительная форма от канонического имени Самуил (древнееврейское «услышанный Богом») или от редкого имени Самсон. В народной среде имя Самуил часто сокращали до Самоха, Самоша, Самошка, а уже от этих форм образовывали фамилии.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с прозвищем Самощенок от глагола «самостить» или «самощничать», что в некоторых говорах означало «упрямиться», «делать по-своему», «быть своевольным». В таком случае прозвище мог получить человек с независимым, строптивым характером. Однако первая версия (от имени) более типична для русских фамилий на -енков/-онков, которые массово возникали в XVI–XVII веках в северных и центральных областях России, особенно в среде крестьян и посадских людей.

Географически фамилия Самощенков встречается преимущественно в центральных регионах России, в частности в Тульской, Рязанской, Калужской областях, а также на юге — в Воронежской и Белгородской. Это указывает на её исконно русское происхождение, без украинского или белорусского влияния, где суффикс -енко обычно остаётся без наращения -ов. Форма Самощенков (с -ов) закрепилась в великорусской традиции, когда фамилию давали по отцу: «Самощенков сын» постепенно стало просто Самощенков.

Если судить по модели образования, предки современных Самощенковых были, скорее всего, крестьянами или ремесленниками, носившими прозвище по имени или характеру. Фамилия не относится к дворянским или купеческим — она из народной среды, где имя Самуил было распространено, но не в высших слоях, а среди простого люда.