Фамилия Самощенкова — женская форма от Самощенков. В её основе лежит прозвище или неканоническое имя Самоха, Самошка, Самоща, которые, в свою очередь, образованы от имени Самуил или от слова «сам». Разбирать фамилию стоит не с корня, а с суффикса: -енков — типичный патронимический суффикс для южнорусских и украинских земель. В отличие от северных -ов/-ев и -ин, форма на -енков (или -енко) указывает на происхождение из регионов, где было сильно влияние малороссийской ономастики: Курская, Орловская, Воронежская, Белгородская области. Самощенков буквально означает «сын Самощенка», где Самощенок — уменьшительно-ласкательное от Самоха.

Самоха — одна из народных форм имени Самуил. По библейской традиции Самуил переводится как «услышанный Богом», но в крестьянской среде имя быстро редуцировалось: Самойло, Самоха, Самоша. Вторая версия, менее распространённая, связывает основу с прозвищем Самоха от слова «сам» — так могли называть самостоятельного, независимого человека, который всё делал сам, без чужой помощи. В говорах «самоха» означала ещё и упрямца, своевольника. Обе версии правдоподобны, но первая — с именем Самуил — встречается чаще, поскольку в документах XVI–XVII веков фигурируют крестьяне Самоха, Самошка, а фамилии на -енков как раз активно формировались в тот период.

Примечательная деталь: в написании Самощенкова нет буквы «в» после «щ» (не Самощенков, а Самощенков), что говорит о твёрдом произношении суффикса -енк- в исходной форме. В некоторых однокоренных фамилиях — Самощенко, Самохин, Самошкин — основа та же, но суффиксы разные, и это разводит их по разным регионам. Самощенков остаётся фамилией, чётко привязанной к югу России, где патронимы на -енков были нормой для непривилегированных сословий. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — предки Самощенковых, скорее всего, были крестьянами или однодворцами.