Фамилия Самотканова образована от прозвища Самоткан. В её основе лежит слово «самотканный» — то есть сотканный вручную, домашним способом, без фабричного станка. Так в старину называли грубый холст, который ткали крестьянки для повседневной одежды и хозяйственных нужд. Прозвище Самоткан мог получить либо ткач, работавший на дому, либо человек, который постоянно носил одежду из такого полотна, — в деревнях это было настолько характерно, что становилось отличительной чертой.

Фамилия образована по типичной модели: основа «Самоткан» плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность («чей?»). В женском роде — Самотканова, то есть «дочь или жена Самоткана». В мужском варианте фамилия звучала бы как Самотканов, но в современной записи чаще встречается именно женская форма, что может говорить о том, что фамилия передалась по женской линии или была зафиксирована в документах уже в таком виде.

Географически фамилия редкая, встречается преимущественно в центральных и южных регионах России, где было развито домашнее ткачество. Интересно, что в отличие от фамилий, образованных от названий профессий (Ткачёв, Пряхин), Самотканов/Самотканова несёт оттенок не столько ремесла, сколько качества продукта — самодельного, нефабричного. Это ставит её в один ряд с такими фамилиями, как Самоделков или Домотканов.

Спорных версий происхождения практически нет: корень прозрачный, а слово «самотканный» хорошо сохранилось в диалектах. Единственный нюанс — не стоит путать с фамилией Самотокин, которая образована от названия рыбы «самоток» (вид лосося в сибирских реках) и не имеет отношения к ткачеству.