Фамилия Самойкины — один из тех случаев, когда при первом взгляде всё кажется ясным, но при ближайшем рассмотрении открывается неочевидная деталь. В основе, скорее всего, лежит имя Самуил (древнееврейское «услышанный Богом»). В русском быту это имя обросло множеством уменьшительных форм: Самойло, Самойла, а от них — Самойка. Суффикс -ин в фамилии указывает на принадлежность: «чей?» — Самойкин, то есть сын или потомок человека по прозвищу Самойка. Форма множественного числа (Самойкины) типична для русских фамилий и подчёркивает родовую принадлежность, династию.

Интереснее другое: суффикс -к- в основе «Самойк-» не всегда был просто уменьшительно-ласкательным. В северных и центральных говорах России, а также в среде старообрядцев, форма имени с суффиксом -к- могла быть нейтральной, обиходной, а не только «детской». То есть Самойкой могли звать взрослого мужчину, и это не звучало пренебрежительно. Фамилии на -ин, образованные от таких «взрослых» уменьшительных имён, часты в среде крестьян и посадских людей — это не дворянская модель (там преобладали -ов/-ев и -ский), а массовая, народная.

Географически фамилия Самойкины тяготеет к Поволжью и центральным областям России. Встречается она и в украинских, и в белорусских записях, но там чаще можно ожидать форму Самойленко или Самойлович. Русский вариант на -ин закрепился за теми, кто носил отчество от разговорной формы имени. Если сравнивать с однокоренными фамилиями (Самойлов, Самсонов), то Самойкины стоят особняком: они сохранили более «домашнюю», диалектную основу, которая реже попадала в официальные документы, а значит, могла дольше бытовать в устной речи.

Сословно носители фамилии, как правило, принадлежали к крестьянам или мещанам. Дворянских родов Самойкиных в истории не зафиксировано — суффикс -ин в сочетании с такой основой указывает скорее на патроним от личного имени, а не на владельческое прозвище. Это типичная «фамилия-отчество», которая не говорит о ремесле или месте жительства, а просто называет предка по имени.

Есть ещё одна, менее вероятная, версия: от прозвища Самойка, образованного не от имени, а от глагола «самоить» (в некоторых говорах — делать что-то самовольно, своевольничать). Но она слабая, поскольку глагол редок и не дал устойчивых прозвищных форм. Основная версия — от имени Самуил через форму Самойка — остаётся наиболее правдоподобной и подтверждается массовостью таких образований в русской ономастике.