Фамилия Саможенкова образована от мужского варианта Саможенков. Её основа — прозвище или нецерковное имя Саможен, которое, скорее всего, связано с глаголом «саможить» — жить своим хозяйством, быть самостоятельным, не наниматься в работники. В северных и сибирских говорах «саможен» — это человек, который «сам себе жнет», то есть обрабатывает землю сам, без батраков и крепостных. Такое прозвище давали зажиточному, но независимому крестьянину-единоличнику.

Модель образования типична для русских фамилий: отчество от прозвища через суффикс -ов- (Саможен → Саможенов), а затем добавлен суффикс -к-, который в русской ономастике часто указывает на женскую линию или на принадлежность к роду (Саможенков → Саможенкова). Впрочем, вариант на -ков мог возникнуть и как вторичная форма: от Саможенко (украинский или южнорусский тип) путём русификации. В таком случае Саможенков — это «сын Саможенка».

Географически фамилия редкая. По данным открытых источников, носители Саможенковых встречаются преимущественно в Нижегородской области и соседних регионах Поволжья. Это согласуется с диалектной основой: слово «саможить» фиксируется именно в севернорусских и волго-вятских говорах. В центральных и южных областях фамилия почти не встречается.

Аналогов по корню немного: известны фамилии Саможин, Саможенов, а также Саможников (от «саможник» — самостоятельный хозяин). Но Саможенкова стоит особняком благодаря суффиксу -енк-, который вносит оттенок уменьшительности или принадлежности к конкретному лицу. Если Саможин — просто «чей-то Саможа», то Саможенков буквально «сын маленького Саможи» или «сын Саможенка», что подчёркивает семейную преемственность прозвища.

Таким образом, предок носительницы фамилии Саможенкова — скорее всего, вольный крестьянин-середняк из Поволжья, который в XVI–XVII веках получил прозвище за то, что вёл хозяйство без чужой помощи. Фамилия сохранила память о крестьянской самостоятельности, а не о боярском или служилом происхождении.