Фамилия Саможен — редкий пример, где основа не бросается в глаза и не укладывается в привычные модели на -ов или -ин. В ней нет типичного суффиска принадлежности, что сразу наводит на мысль: перед нами не отчество, а прозвище или переосмысленное слово, застывшее в форме именительного падежа.

Корень «сам» — один из самых древних в русском языке, но в фамилиях он встречается нечасто. Вторая часть, «-ожен», может быть искажённым вариантом от «-ожин» или «-оженой». Если предположить, что исходная форма — «саможеной» (то есть «сам женой»), то прозвище могло относиться к человеку, который сам выполнял женскую работу — стряпал, вёл хозяйство, воспитывал детей. В крестьянской среде такое поведение было заметным и давало повод для насмешливого или уважительного прозвища. В словаре В. Даля есть слово «сам-жена» — мужчина, который всё делает по дому сам, без помощи женщины.

Другая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным глаголом «самозить» (суетиться, хлопотать) — тогда «саможен» могло означать «хлопотун», «человек, который всё делает сам». Но фонетически этот вариант менее убедителен: суффикс -ен в таком случае был бы нехарактерен.

Географически фамилия тяготеет к южнорусским областям — Курской, Воронежской, Ростовской. В дореволюционных метрических книгах Саможены встречаются в сёлах, где преобладало однодворческое население — потомки служилых людей, не имевших крепостных. Это объясняет, почему фамилия не получила массового распространения: однодворцы жили обособленно, и прозвища у них часто закреплялись за одной-двумя семьями.

Сравните с однокоренными фамилиями: Самохин (от «самоха» — самолюбивый человек), Самовер (от «сам верю» — вольнодумец). Саможен стоит в этом ряду особняком — его прозрачная бытовая основа не требует домысливания, но при этом сохраняет редкую для русских фамилий грамматическую форму.