Фамилия Саможенов — редкий случай, когда в основе лежит не имя, не ремесло, а, скорее всего, прозвище, связанное с бытовым укладом. Разберём её по составу: корень «саможен-» и типичный русский суффикс принадлежности «-ов», указывающий на потомка человека, носившего это прозвище.

Самая вероятная версия происхождения корня — от слова «сам» и глагола «жать» (сжимать, давить). В диалектах «саможён» или «саможня» могло означать человека, который работал в одиночку, без помощников, «сам жал» — то есть сам справлялся с полевой страдой, не нанимая батраков. Это прозвище давали крестьянину-единоличнику, который вёл хозяйство своими силами, без семьи или наёмных рук. Альтернативная версия, менее убедительная, связывает корень с «самогон» (домашнее винокурение), но для этого в фамилии ожидалось бы написание «Самогонов» — «ж» вместо «г» здесь нехарактерно для русского словообразования, хотя в некоторых говорах возможна замена звуков.

Суффикс «-ен-» в основе указывает на притяжательное прилагательное (чей? — саможенов), что типично для фамилий, образованных от прозвищ на -а/-я: Саможа — Саможенов. Такая модель встречается реже, чем стандартные отчества на -ов/-ев, и говорит о том, что фамилия могла закрепиться в северных или центральных губерниях России, где диалектные формы прозвищ были устойчивы. В ономастических справочниках эта фамилия не фигурирует среди массовых, что подтверждает её локальный характер.

Социально предки Саможеновых — скорее всего, государственные или помещичьи крестьяне, чьё прозвище подчёркивало их трудовую независимость или, наоборот, одиночество. В документах XVIII–XIX веков такая фамилия могла бы появиться у крестьян, получивших фамилию при переписях по прозвищу главы семьи. Географически следы фамилии встречаются в Поволжье и на Урале, где были распространены архаичные говоры с формами вроде «саможа» (сам жнущий).