Фамилия Санбур — редкий случай, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. В ней нет типичного корня, связанного с ремеслом, внешностью или крестильным именем. Скорее всего, перед нами фамилия искусственного или географического происхождения, а её носители — из духовного сословия.

В XVIII–XIX веках в семинариях будущим священникам нередко давали фамилии, образованные от латинских, греческих или церковнославянских слов. Санбур легко раскладывается на две части: «сан» (лат. sanctus — святой) и «бур» (лат. burrus — красный, рыжий). В латыни Sanctus Burrus могло означать «святой Бурр» (имя раннехристианского мученика) или «святая рыжина» — метафора, отсылающая к огню, жертве или цвету облачения. Семинаристы нередко калькировали или переиначивали такие сочетания, превращая их в фамилии.

Вторая версия — топонимическая. В Западной Украине и Польше есть село Санбор (Sambor), а фамилия могла возникнуть как искажённый вариант от названия местности. В таком случае суффикс отсутствует, а форма Санбур — результат адаптации чужого слова в русской среде. Однако эта гипотеза слабее: географические фамилии обычно сохраняют суффикс -ский (Санборский) или -ов (Санборов).

Суффикса в фамилии нет — это чистая основа. Такая модель (бессуффиксная) встречается у поздних, книжных фамилий, которые не успели обрасти типичными окончаниями -ов или -ин. Встречаемость фамилии крайне низкая, основные очаги — центральные регионы России и, возможно, сёла бывших духовных училищ. Известных носителей нет, что лишь подтверждает: Санбур — не родовая фамилия крестьян или дворян, а единичное семинарское новообразование, которое так и осталось штучным.