Фамилия Санчакова — женская форма фамилии Санчаков. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому слову «санчак» (sancak), которое в османской традиции означало «знамя» или «флаг», а также административно-территориальную единицу — санджак. В русском языке это слово закрепилось как «санчак» или «санчук» и могло стать прозвищем для военного человека, знаменосца, либо для выходца из мест, где такая должность или топоним были распространены.

Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов/-ев присоединялся к основе, указывая на принадлежность («чей?»). Санчаков — буквально «сын или потомок Санчака». Женская форма Санчакова, как и в большинстве русских фамилий, образована добавлением окончания -а. Суффикс -ак в основе (Санчак) характерен для прозвищ и имён в тюркских языках, часто передающих признак или профессию.

Есть и другая, менее вероятная версия: связь с калмыцким именем Санча (уменьшительное от Сангаджи, что значит «счастливый»). В таком случае фамилия Санчаков могла возникнуть в среде калмыков или донских казаков, где тюркские и монгольские имена смешивались с русскими фамильными суффиксами. Эта гипотеза подкрепляется тем, что фамилия Санчаков и её производные встречаются в южных регионах России, в Поволжье и на Северном Кавказе — зонах активного контакта славянского и тюркского населения.

В написании фамилии возможна вариативность: Санчакова и Санчаков (мужская форма). Ударение обычно падает на второй слог: Санчáкова. Носители фамилии могли принадлежать к разным сословиям — от казаков до крестьян, но точное социальное происхождение без генеалогического исследования установить сложно. В любом случае, фамилия Санчакова — яркий пример того, как административные, военные или личные прозвища из тюркского мира переходили в русскую ономастику.