Фамилия Санюшкин образована по одной из самых распространённых в русской ономастике моделей — от краткой формы крестильного имени через суффикс принадлежности -ин. В основе лежит имя Саня, которое в русской традиции служит уменьшительно-ласкательной формой сразу для двух полных имён: Александр (через цепочку Александр → Саша → Саня) и, реже, Алексей (Алексей → Алёша → Лёша → Саня, хотя такая цепочка встречается нечасто). Таким образом, Санюшкин буквально означает «сын Сани», то есть потомок человека, которого в быту звали Саней.

Уникальность фамилии — в суффиксе -ушк- внутри основы. В отличие от массовых фамилий вроде Санин или Сашкин, где использованы нейтральные суффиксы -ин или -кин, форма Санюшкин содержит ласкательный суффикс -ушк-, который в русских именах придаёт оттенок нежности или уменьшительности (сравните: Ваня — Ванюшка, Петя — Петюшка). Это значит, что прозвище Санюшка (уменьшительное от Саня) давали человеку с особым тёплым отношением — скорее всего, ребёнку или младшему члену семьи. Фамилия закрепилась за его потомками как «Санюшкин», то есть «чей? — Санюшкин».

С точки зрения географии, фамилия Санюшкин встречается редко и тяготеет к центральным и северным областям России, где была сильна традиция бытовых имён на -ушка. В документах XVII–XVIII веков можно встретить крестьян и посадских людей с прозвищем Санюшка, но письменных свидетельств о конкретном родоначальнике этой фамилии не сохранилось. Сословно фамилия не маркирована: суффикс -ин типичен для крестьянской и мещанской среды, а не для дворянства, которое чаще использовало фамилии на -ов/-ев или -ский.

Спорных версий происхождения у Санюшкина практически нет. Иногда её ошибочно связывают с польским или украинским корнем «санюк» (зрачок, глаз), но это лингвистически несостоятельно: суффикс -ушк- — чисто русский, уменьшительно-ласкательный, и в западнославянских языках для образования фамилий он почти не употребляется. Единственное, что можно добавить: в некоторых говорах слово «санюшка» бытовало как шутливое прозвище для маленького, юркого человека (от «санки» — салазки), но это скорее народная этимология, не подкреплённая ономастическими словарями.