Фамилия Сапиханова — женская форма, а её основа — мужская фамилия Сапиханов. Она образована по самой распространённой в русском языке модели: к основе на согласный прибавили суффикс -ов, который указывает на принадлежность («чей?» — Сапиханов). Этот суффикс — основной маркер русских фамилий, но корень здесь нерусский. Сапиханов — классический пример фамилии, которую принесли в Россию народы Кавказа и Поволжья, исповедующие ислам.

В основе лежит составное арабско-персидское имя Сапихан. Первая часть — Сапи (или Сафи) — восходит к арабскому صفي (Сафи), что значит «чистый», «искренний», «избранный». Вторая часть — хан — тюркский титул, который в именах часто служит почётным компонентом, подчёркивающим знатность или просто уважение к носителю. Имя Сапихан можно перевести как «чистый хан» или «избранный правитель». Фамилия, таким образом, означает «потомок Сапихана».

Фамилия Сапиханова распространена преимущественно среди народов, где распространены арабские и тюркские имена: у татар, башкир, кумыков, чеченцев, ингушей. Чаще всего её носители — мусульмане. Встречаемость фамилии невысока, что указывает на её позднее оформление и локальное бытование — вероятно, в пределах одного села или рода. В отличие от фамилий, образованных от прозвищ или профессий, Сапиханов сразу фиксирует имя предка, а не его занятие или внешность.

Словообразовательная модель проста и прозрачна. Если бы фамилия формировалась не по русскому, а по тюркскому принципу, она могла бы звучать как Сапиханоглу или Сапиханзаде. Выбор суффикса -ов говорит о том, что носители фамилии вошли в русское административное и языковое пространство, скорее всего, в XIX–XX веках, когда учёт населения потребовал стандартизации фамилий по русскому образцу.