Фамилия Саущенко звучит на украинский лад: суффикс -енко (с чередованием к/ч) указывает на происхождение с территории исторической Малороссии или Слобожанщины. В этой модели фамилия означала «сын (или потомок) Сауска» или «маленький Сауско» — то есть образована от прозвища или имени, заканчивающегося на -ко. Такие формы в XVI–XVII веках были обычны для казачьей среды и мещанства: они фиксировали принадлежность к роду, но ещё не передавались по наследству в современном смысле.

Основа «Сау-» — это, скорее всего, народная форма имени Савва, Савелий или Саул. В украинских говорах имя Савва часто редуцировалось до Савка, Савко, а далее — до Саусь, Сауха, Саущенко. Менее вероятно, но не исключено, что корень связан с диалектным «сауть» (медлить, мешкать) или с тюркским словом «сау» (здоровый, целый), которое могло стать прозвищем. Однако первая версия — от имени — самая распространённая и не требует натяжек.

Суффикс -енко, в отличие от великорусских -ов/-ев, не указывает на сословие: его носили и казаки, и крестьяне, и духовенство. Поэтому предки Саущенко могли быть кем угодно — от реестрового казака до мещанина. Географически фамилия чаще всего встречается в Черкасской, Полтавской и Сумской областях, а также в прилегающих районах России (Курская, Белгородская области), что подтверждает её украинские корни.

В написании фамилии возможен вариант Саущенко (с буквой «щ»), который передаёт древнее чередование «ск/щ»: Сауско → Саущенко. Встречается и ошибочное написание «Саущенко» через «шч» — это калька с украинского «Саущенко», где буква «щ» читается как твёрдое «шч». В русском языке нормативной остаётся форма с «щ».