Фамилия Сайботалов — редкий случай, когда основа, скорее всего, не славянская, а тюркская или монгольская, переработанная русским суффиксом. Чтобы понять её, нужно разобрать слово по частям, и здесь сразу возникает спор.

Первый и самый очевидный вариант — фамилия образована от прозвища или имени Сайботал. В тюркских языках (особенно казахском, башкирском, татарском) «сай» часто означает «выбирать», «отборный», а «бота» — «верблюжонок». «Сайбота» могло быть мужским именем-пожеланием: «отборный верблюжонок», то есть ценный, дорогой ребёнок. Русский суффикс -ов добавил значение принадлежности: Сайботалов — сын Сайботала. Эта версия правдоподобна, так как фамилии с корнем «бота» (Боталов, Ботантаев) встречаются у народов Поволжья и Урала.

Вторая версия, более сложная, связывает фамилию с калмыцким или монгольским «сай» (хороший, красивый) и «ботал» — возможно, искажённое «бөөтөл» (шаманский) или «боодол» (загадка, предсказание). Тогда Сайботал — «хороший предсказатель» или «красивый шаман». Но эта гипотеза слабее, так как требует дополнительных фонетических допущений и не подкрепляется массовостью подобных фамилий.

Модель образования проста: основа Сайботал + патронимический суффикс -ов. Фамилия недвусмысленно указывает, что предок носителя был человеком с именем или прозвищем Сайботал. Географически фамилия тяготеет к Оренбургской области, Башкортостану и Казахстану — регионам, где веками жили тюркские народы в соседстве с русскими. Сословно предки Сайботаловых, скорее всего, были государственными крестьянами или казаками, реже — дворянами (в списках столбового дворянства эта фамилия не зафиксирована).

В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) Сайботалов не упоминается — это говорит о её редкости. Встречаются однокоренные варианты: Сайбаталов, Саботалов, где корень «сай» мог редуцироваться или путаться с русским «сабо» (деревянный башмак), но это уже народная этимология, не имеющая отношения к исходному значению.