Фамилия Сайфамлюков — редкий случай в русском ономастиконе, где арабское имя прошло через тюркский фильтр и оформилось по русской модели. Разберем её по частям.

Основа фамилии — арабское имя Сайф (سيف), что значит «меч», «сабля». В мусульманском именослове это один из эпитетов Аллаха (Сайфуллах — «меч Аллаха») и распространённый компонент составных имён. Второй элемент — Амлюк — искажённое тюркское Амлюк или Амлук, которое восходит к арабскому малик («владыка», «царь») через тюркскую огласовку. Получается «Сайф Амлюк» — «меч владыки» или «меч царя». Такие двусоставные имена (Сайф-ад-Дин, Сайфулла) в тюркской среде нередко сокращались и переосмыслялись.

Суффикс -ов указывает на русскую патронимическую модель: «чей?» — Сайфамлюков. В XIX — начале XX века так оформляли фамилии татарам, башкирам, казахам и другим народам Российской империи при переходе к оседлому учёту. Фамилия явно не дворянская и не священническая (там были бы суффиксы -ский или -ин с другой семантикой). Скорее всего, предок носителя — крестьянин, ремесленник или мелкий торговец из татарской или башкирской среды, который получил фамилию по отцу или деду, носившему имя Сайфамлюк.

Географически фамилия тяготеет к регионам с компактным проживанием татар и башкир: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская, Челябинская области. В дореволюционных метрических книгах и ревизских сказках её можно встретить в записях магометанских приходов.

Написание фамилии вариативно: в документах могли писать Сайфамлюков, Сайфамликов, Сайфамлюковъ. Окончание -юк- (вместо ожидаемого -ук-) — результат адаптации тюркского звука к русской орфографии.