Фамилия Сайгутинов — редкая и географически привязанная. Её основа, скорее всего, восходит к тюркскому мужскому имени Сайгут, которое в свою очередь состоит из двух частей: «сай» (в тюркских языках — «мелкий камень, галечник», а в переносном смысле «чистый, отборный») и «гут/кут» («счастье, удача, благодать»). Таким образом, имя Сайгут можно перевести как «чистое счастье» или «отборная удача». Суффикс -ин- указывает на принадлежность: Сайгутинов буквально означает «сын Сайгута» или «из рода Сайгута». Это типичная модель для русских фамилий тюркского происхождения, где к основе на согласный добавляется русский патронимический суффикс.

В отличие от более распространённых фамилий на -ов/-ев, фамилия Сайгутинов встречается локально. Основной ареал её бытования — Оренбургская область и Башкортостан. Это объяснимо: именно на Южном Урале и в Приуралье веками складывался пласт татарского и башкирского населения, у которого личные имена тюркского корня были обычны, а после крещения или перехода в русскую административную систему фиксировались в виде фамилий с русскими окончаниями.

Словообразовательная модель здесь проста и прозрачна: тюркское имя Сайгут + русский суффикс -ин- + окончание -ов. Интересно, что фамилия могла возникнуть и от прозвища Сайгут, которое давали человеку, жившему у каменистого берега или отличавшемуся «чистотой» нрава. В любом случае, носитель фамилии Сайгутинов почти наверняка происходит из среды поволжских татар или башкир, где такие имена были в ходу до середины XIX века.

Других версий, заслуживающих серьёзного внимания, нет. Связывать фамилию с русским словом «гута» (стекольный завод) или с «сайгаком» (степной антилопой) фонетически возможно, но семантически натянуто: промежуточных прозвищ «Сайгут» в этом ряду не зафиксировано, а имя Сайгут хорошо документировано в тюркской ономастике.