Фамилия Сайгутин — одна из тех, что сбивает с толку при первом взгляде. Корень «Сайгут» не похож ни на русское имя, ни на очевидное прозвище. Чтобы понять её происхождение, нужно заглянуть в тюркские языки и вспомнить историю русского пограничья.

Основа фамилии — тюркское мужское имя Сайгут или прозвище Сайгут. В тюркских наречиях «сай» означает «каменистое русло реки», «овраг» или «мелководье», а «гут» (от «кут») — «душа», «счастье», «благодать». Вместе имя могло трактоваться как «счастливый на переправе» или «благодатный ручей». Однако более вероятно, что Сайгут — это вариант имени Саиткут (Саит + кут), где «саит» — арабское имя, а «кут» — тюркский компонент, означающий «счастье». В таком случае Сайгутин — это «сын Сайгута».

Суффикс -ин указывает на типичную русскую модель образования фамилий от основ на -а, -я. То есть предка звали Сайгута, и его дети стали Сайгутиными. Такая форма характерна для северных и центральных областей России, но сама фамилия явно принесена с юго-востока, из регионов активного русско-тюркского контакта: Поволжья, Приуралья, Оренбуржья. Среди татар, башкир и чувашей встречаются однокоренные фамилии Сайфутдинов, Сайганов, а Сайгутин могла возникнуть, когда тюркское имя адаптировали под русскую фамильную норму.

В некоторых говорах «сайгут» могло быть прозвищем для человека, живущего у оврага или переправы, но это вторичная версия. Первично всё же личное имя. Социально носители фамилии относились скорее к служилым людям, казакам или крестьянам, которые перенимали имена от соседних народов. Дворянских родов Сайгутиных не зафиксировано.

Ономастический словарь Б. Унбегауна не упоминает эту фамилию, но её структура полностью вписывается в описанные им модели образования русских фамилий от иноязычных основ. Встречается Сайгутин и сегодня, хотя и редко — в основном в Челябинской, Оренбургской областях и Башкортостане. Фамилия не изменила написания за века, что говорит о её относительно позднем оформлении (XVII–XVIII века), когда письменная фиксация уже была устойчивой.