Фамилия Сайнецкая — редкий пример, где географическое имя стало основой для фамилии, а сама фамилия сохранила женскую форму, нехарактерную для традиционного русского именования. В русской традиции фамилии на -ская/-цкая обычно указывали на происхождение из определённого места: села, города или местности. Мужской вариант — Сайнецкий, женский — Сайнецкая.

Корень «Сайн-» заставляет искать топоним. Вероятнее всего, фамилия восходит к названию населённого пункта с основой «Сайн-». На картах встречаются, например, Сайна — река и село в Калужской области, а также несколько мелких хуторов с похожими названиями в Беларуси и на Украине. Формант «-ец» в топониме (Сайнец) типичен для восточнославянской модели: он указывает на жителя или выходца (ср. «могилевец» — из Могилёва). Таким образом, Сайнецкий — это тот, кто родом из Сайнца или с Сайны. Женская форма Сайнецкая закрепилась в документах, когда женщину записывали по фамилии мужа или отца, но сама фамилия осталась неизменной.

Есть и менее вероятная, но возможная версия: основа «Сайн-» может быть прозвищной, от диалектного слова. В некоторых говорах «сайка» — это булка, хлеб. Но суффикс -ец в прозвищах встречается редко, а для фамилии на -ский такая основа была бы нетипична. Поэтому топонимическое происхождение выглядит убедительнее.

Фамилия Сайнецкая — не массовая. Её носители, скорее всего, происходят из одной локальной группы, возможно, из западных или южных регионов бывшей Российской империи, где были распространены фамилии на -ский среди крестьян и мещан (в отличие от дворянского стереотипа). Написание с «е» после «н» (а не «а») — ещё один признак, что фамилия прошла через канцелярскую фиксацию XIX века, когда ударение и произношение могли влиять на букву.