Фамилия Сайниева — женская форма фамилии Сайниев, и её происхождение уводит нас в мир редких тюркских основ. В отличие от распространённых русских фамилий на -ов/-ев, образованных от крестильных имён, Сайниев явно имеет корни в тюркской ономастике. Основа «сайн» или «сайын» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) означает «лучший», «отличный», «добрый» или «каждый». Слово «сайын» также может быть формой прилагательного со значением «достойный» или «уважаемый».

Вероятнее всего, фамилия образована от прозвища Сайний (или Сайни), которое давали человеку с положительными качествами — доброму, умелому, заслуживающему уважения. Суффикс -ев в мужском варианте (Сайниев) указывает на русскую модель патронимии: «сын Сайния». Такие фамилии обычно возникали в среде крещёных татар, башкир, а также других народов Поволжья и Приуралья, где в XIX веке активно шёл процесс русификации имён и прозвищ. В метрических книгах и переписях того времени тюркские основы нередко записывали с русскими окончаниями.

Географически фамилия Сайниева сегодня встречается преимущественно в регионах с тюркским населением: в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Однако она довольно редкая — носителей мало, и в общероссийских базах фамилия не входит в сотни самых частых. Это указывает на локальное происхождение, возможно, от одного родового гнезда.

С точки зрения словообразования, фамилия Сайниев стоит в ряду таких же редких тюркско-русских гибридов, как, например, Батырев, Назиров, Туктаров. Важно не путать её с фамилией Саиниев (от арабского имени Саид) — в случае Сайниева корень именно тюркский, с гласной «а» и «й». Если у предков было имя Сайн (или Сайни), то фамилия буквально означала «принадлежащий Сайну», то есть потомок того, кого называли лучшим.