Фамилия Сайтакова — женская форма фамилии Сайтаков, и её разбор стоит начать с суффикса. Модель образования типична для русских фамилий: суффикс -ов указывает на принадлежность, то есть Сайтаков — это «сын Сайтака». Сама основа Сайтак — это личное имя или прозвище, которое восходит к тюркским языкам. Встречается в башкирской, татарской и казахской среде имя Сайтак (варианты — Сайдак, Сайдахмет). В основе лежит арабское слово «сайид» (господин, предводитель) с тюркским уменьшительным суффиксом -ак. Таким образом, Сайтак — это «маленький господин» или «молодой предводитель», что было распространённым именем-пожеланием в мусульманских семьях.

Однако в русской ономастике фамилия Сайтаков могла возникнуть и другим путём. В сибирских и уральских говорах «сайтак» — это прозвище для нерасторопного, медлительного человека. Слово происходит от диалектного глагола «сайтаться» (медлить, возиться). В этом случае фамилия не связана с тюркским именем, а отражает характер предка. Спор между этими двумя версиями решается просто: тюркская этимология правдоподобнее, потому что в русских говорах слово «сайтак» редкое и локальное, а имя Сайтак — хорошо задокументировано в метрических книгах Поволжья и Приуралья.

Географически фамилия Сайтакова чаще всего встречается у башкир и татар, а также у русских, живших по соседству с ними, например, в Оренбургской, Челябинской областях и Башкортостане. Сословно предки могли быть как крестьянами, так и служилыми людьми (казаками, тептярями), так как тюркские имена в XVI–XVIII веках часто давали новокрещеным или тем, кто нёс пограничную службу.

Интересная особенность: ударение в фамилии может падать на второй слог (Сайта́ков) или на первый (Са́йтаков). Первый вариант ближе к тюркскому произношению, второй — к русской адаптации. Встречаются однокоренные фамилии: Сайтанов, Сайташев, Сайталин — все они образованы от того же имени или прозвища, но с разными суффиксами (-ан, -аш, -ал), что указывает на региональные диалектные варианты.