Фамилия Сайтакунова — редкий случай, когда основа слова почти наверняка не славянская, а тюркская. Если отбросить типичный русский суффикс принадлежности -ов (в женском роде -ова), остаётся корень «Сайтакун». Такое имя или прозвище могло сложиться из двух частей: «сай» (в тюркских языках — «почтенный», «господин», «уважаемый человек», а также «мелкий камень, галечник») и «такун» или «такан» (в некоторых тюркских наречиях — «упрямый», «крепкий», либо от слова со значением «петух»). Таким образом, Сайтакун — это, скорее всего, личное имя-характеристика: «почтенный упрямец» или «уважаемый, как петух» (в переносном смысле — боевой, гордый человек).

Обратите внимание на суффикс -ова, а не -ина. Это указывает на то, что фамилия образована по русской модели от мужского имени Сайтакун (а не от женского Сайтакуна). В русской традиции фамилии на -ов/-ев давали по отцу: Сайтакунов означало «сын Сайтакуна». Женская форма Сайтакунова — это всего лишь грамматическое изменение при замужестве или при записи в документах. Такая модель типична для регионов, где русские фамилии накладывались на тюркские имена — в Поволжье, на Урале, в Западной Сибири.

Географически фамилия Сайтакунова встречается крайне редко, в основном в Башкортостане и Татарстане, а также среди башкирских и татарских переселенцев в Челябинской области. Это подтверждает версию о тюркском происхождении: имя Сайтакун (или Сайтакан) могло бытовать в среде башкир, казахов или ногайцев. В дореволюционных метрических книгах эта фамилия почти не фиксируется, что говорит о её позднем оформлении — скорее всего, в конце XIX — начале XX века, когда крестьянам и башкирам-вотчинникам массово давали фамилии по именам отцов.

В отличие от многих фамилий, где спорят о суффиксах или чередовании корней, здесь главная загадка — в значении второй части. Если «такун» восходит к тюркскому «тагын» (снова, опять), то имя могло означать «второй почтенный» (например, второй сын в семье). Но более вероятна версия с «такан» — петух: в тюркской антропонимике имена животных (Буре — волк, Аю — медведь, Такан — петух) давали как обереги или для подчёркивания качеств. Сайтакун — «почётный петух», то есть задира, которого при этом уважают.

Однокоренных фамилий в русском ономастиконе практически нет. Встречаются Сайтаковы и Сайтановы, но они образованы от других основ (Сайтак — «мелкая галька» или «господин» без второй части). Сайтакунова стоит особняком — это двусоставное имя, которое не переделали в привычное русское ухо, а сохранили целиком. Носители этой фамилии, скорее всего, потомки башкирских или татарских крестьян, чьи предки носили редкое личное имя Сайтакун, и при паспортизации в СССР его закрепили как фамилию.