Фамилия Сайтаковы образована от тюркского имени Сайтак. В основе лежит древнетюркское слово «сай» — «каменистое русло реки, пересохшее русло, овраг» или «почётный, уважаемый». Аффикс «-так» в тюркских языках может указывать на принадлежность или обладание признаком. Таким образом, имя Сайтак могло означать «живущий у сухого русла» или «почтенный человек».

Фамилия Сайтаков — русская по форме, но тюркская по корню. Суффикс «-ов» — стандартный русский патронимический суффикс, который присоединялся к основе при крещении или переходе в православие. Это значит, что предок носителей фамилии, скорее всего, был крещёным татарином, башкиром или представителем другого тюркского народа, получившим фамилию по отцу — Сайтаку.

Географически фамилия распространена в Поволжье и на Урале, особенно в Татарстане, Башкортостане, Оренбургской и Челябинской областях. Встречается и в среде сибирских татар. В дореволюционных переписях Сайтаковы фиксировались и среди государственных крестьян, и в мещанском сословии — социальный состав был смешанным. В некоторых документах XIX века встречается написание «Сайтаковъ» с твёрдым знаком на конце, что соответствует старой орфографии.

Вариант фамилии — Сайтаков (без окончания множественного числа). Форма «Сайтаковы» — это родовое обозначение семьи, принятое в русской традиции. Другие однокоренные фамилии — Сайташевы, Сайтановы — образованы от близких по звучанию тюркских имён, но их корни не обязательно совпадают. Если в основе Сайтаковых лежит именно географический термин «сай», то родство с фамилией Саитов (от арабского имени Саид) маловероятно — это разные по происхождению корни.