Фамилия Сегин образована от прозвища Сега, которое восходит к аналогичному нарицательному со значением «одна из древнейших универсальных пряностей». Вероятно, прозвище Сега относится к так называемым «профессиональным» именованиям, указывающим на род деятельности человека. Можно предположить, что основатель рода Сегиных был кулинаром. Таким образом, потомок человека, обладающего прозвищем Сега, со временем получил фамилию Сегин.