Фамилия Секин — короткая, и в её основе лежит либо прозвище, либо обиходная форма имени. Словообразовательная модель проста: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?» — сын Секи). Основа Сека — это, скорее всего, неполное имя от Секлетея (церковное Синклитикия) или от Секлит (Синклит). В народе такие имена сокращали до одного слога: Сека, Сека. Мужские имена Секлетей и Секлит — редкие, но встречались в святцах, и их просторечные формы дали начало нескольким фамилиям, включая Секин.

Есть и вторая, более прозаичная версия: прозвище Сека мог получить человек, имевший отношение к сечке — рубке капусты, резке соломы или работе с секачом (тяжёлым ножом для рубки). В северных и центральных говорах «сека» — это и инструмент, и человек, который им работает. Прозвища по ремеслу давали часто, и они легко превращались в фамилии без посредства крестильного имени. Эта версия кажется даже более вероятной для массового бытования фамилии: слишком редки были имена Секлетей и Секлит, чтобы дать большое число носителей.

География фамилии неширокая. Секины чаще всего встречаются в Вологодской, Архангельской и Кировской областях — это зона бывшего Русского Севера, где долго сохранялись архаичные прозвища и где рубка капусты и заготовка сена были основными сезонными работами. Встречается фамилия и в Поволжье, но там её могли принести переселенцы с севера.

Интересная деталь: фамилия Секин не имеет отношения к слову «секира», хотя внешнее сходство подталкивает к такой догадке. Секира — оружие, а секач — нож для хозяйственных нужд. Разница в суффиксе и значении: секира — предмет, сека — деятель. В ономастических справочниках фамилию обычно возводят именно к прозвищу Сека, а не к оружию.

Сословной привязки у Секиных нет: фамилия встречалась и среди крестьян, и среди мещан, и в духовенстве. В синодиках и писцовых книгах XVII века попадаются крестьяне Секины из Тотемского уезда, что подтверждает северное происхождение. Таким образом, предок носителя фамилии Секин, скорее всего, был либо человеком с редким именем Секлетей, либо, что вероятнее, мастером по рубке — секачом, без которого в северной деревне не обходились ни зимой, ни летом.