Фамилия Секинаева образована от мужского имени или прозвища Секинай. Основа — тюркское слово «секи» (скамья, возвышение) с добавлением уменьшительно-ласкательного аффикса «-най», характерного для многих тюркских языков. В карачаево-балкарском, кумыкском и ногайском языках «секи» также означало «приступок», «небольшой помост» или «лавка». Таким образом, прозвище Секинай мог получить человек, живший на возвышенности, либо мастер, делавший скамьи и помосты, либо тот, кто занимал видное место в общине — сидел на возвышении.

Фамилия имеет ярко выраженный региональный характер. Она распространена среди народов Северного Кавказа, особенно в Кабардино-Балкарии и Карачаево-Черкесии. Суффикс «-ев» указывает на русскую адаптацию фамилии — так оформляли в документах фамилии горских народов в XIX–XX веках. Без русского окончания фамилия звучала бы как Секинай.

Встречается и версия, связывающая основу с арабским словом «сакин» (спокойный, мирный), но она менее вероятна: переход «сак-» в «сек-» нехарактерен для тюркских языков региона, а слово «секи» даёт более конкретное и бытовое объяснение, типичное для прозвищ. Секинаевы — потомки человека, которого в ауле знали как Секиная, и фамилия прочно закрепилась за его родом.