Фамилия Секинаевы — редкая и по происхождению, скорее всего, тюркская. Её основа восходит к личному имени или прозвищу Секинай. Это имя сложное: вторая часть «-най» в тюркских языках (татарском, башкирском, казахском) часто выступает как уменьшительно-ласкательный или «звериный» аффикс, указывающий на тотемного предка (например, Буранай — «волчонок», Аюнай — «медвежонок»). Первая часть «секи» может быть связана с тюркским глаголом «сек-» (прыгать, скакать) или с числительным «сегиз» (восемь) в редуцированной форме. В некоторых диалектах «секи» означает «стойкий», «упрямый». Таким образом, имя Секинай в древности могло означать либо «прыгун» (прозвище ловкого или беспокойного человека), либо «восьмой ребёнок» в семье (по счёту рождения), либо «крепыш».

Фамилия образована по русской патронимической модели: к основе Секинай добавили русский суффийкс -ев (фонетический вариант -ов после мягкого согласного). Полная форма — Секинаев — означает «сын Секиная». Окончание -ы в данном случае указывает на множественное число, то есть на целый род: Секинаевы — «семья, потомки Секиная». Такая форма характерна для фамилий, которые закрепились в документах уже как родовое имя, а не как прозвище одного человека.

Географически фамилия встречается в Поволжье и на Южном Урале, где исторически жили тюркские народы (татары, башкиры, мишари). Встречаются Секинаевы и среди мордвы-эрзи, что объясняется давними контактами с тюрками. В русских переписных книгах XVII–XVIII веков эта фамилия не фиксируется — она явно поздняя, скорее всего, оформилась уже после крещения тюркских родов в православие, когда бывшие мусульмане получали фамилии по имени отца.

С точки зрения словообразования, фамилия интересна тем, что сохранила редкий аффикс -най, который почти исчез из современных тюркских имён. Однокоренных фамилий немного: Секин, Секинин, но они обычно имеют другую основу (от русского слова «сечь» или от тюркского «секи» — «скамья»). Секинаевы — это отдельная ветвь, которую не стоит путать с более частыми фамилиями на -ин.

Сословная принадлежность предков неясна. Судя по тому, что фамилия не попала в дворянские родословные книги, вероятнее всего, это были государственные крестьяне, ясачные люди или служилые татары (казаки). Точных данных о знаменитых носителях нет — фамилия остаётся локальной и немногочисленной.