Фамилия Сехна — редкий пример, когда основа не поддаётся однозначной славянской этимологии. Скорее всего, это русифицированная форма фамилии из другого языка, и географический след здесь подсказывает направление.

Судя по звучанию, фамилия могла прийти из тюркских или кавказских языков. В осетинском языке есть слово «сæхъæн» (сэхъэн) — «холостой, неженатый», а также «сæх» (сэх) — «прямой, открытый». В тюркских языках (например, в кумыкском или ногайском) основа «сех» или «сехна» может восходить к слову со значением «крепкий, здоровый» или «чистый». Не исключена и связь с арабским корнем, где «сахна» (صحنة) означало «блюдо, тарелка» — такое прозвище могли дать гончару или торговцу посудой.

Фамилия не имеет типичного русского суффикса (-ов, -ин, -ский), что указывает на её позднюю фиксацию в документах или на сохранение исходной формы без адаптации. Встречается она в основном на Северном Кавказе и в южных регионах России, среди народов, где распространены бесписьменные или поздно записанные фамилии. В осетинской среде, например, фамилии на -а, -о нередки, и Сехна могла попасть в метрические книги именно в таком виде.

Версия о происхождении от прозвища «Сехна» (от диалектного глагола, якобы означающего «сечь, рубить») маловероятна: для такого значения в русском языке есть более привычные основы (Сечка, Сеченов). Поэтому наиболее правдоподобно иноязычное происхождение, возможно, осетинское или тюркское, где слово имело конкретный бытовой или личностный смысл.