Фамилия Сексанбаева звучит непривычно для русского уха, но её происхождение прозрачно при обращении к тюркским языкам. Это женская форма фамилии Сексанбаев, а в её основе лежит составное мужское имя Сексанбай.

Разберём имя по частям. Первая часть — «сексан» — почти наверняка восходит к числительному «сексен» (или «саксан» в разных тюркских диалектах), что означает «восемьдесят». Вторая часть — «бай» — в тюркской ономастике означает «богач», «господин», «хозяин», а в составе имени часто служило пожеланием богатства и знатности. Таким образом, имя Сексанбай можно перевести как «Восьмидесятилетний богач» или «богатый, как восемьдесят». Число восемьдесят в тюркской традиции нередко ассоциировалось с возрастом мудрости, уважения и достатка.

Фамилия образована по русской модели: к основе на -ай прибавили русский патронимический суффикс -ев (вариант -ов после мягкой основы). Получилось Сексанбаев, а от него — женская форма Сексанбаева. Такая модель типична для фамилий, которые оформлялись в XIX–XX веках у тюркских народов, входивших в состав Российской империи, особенно у казахов, башкир, татар. Носители фамилии, вероятно, происходят из регионов, где были распространены подобные составные имена-пожелания — это южный Урал, Поволжье или Казахстан.

По сословной принадлежности предки Сексанбаевых могли быть как из зажиточных крестьян или скотоводов (на что указывает компонент «бай»), так и из обычных общинников. Имя-пожелание «восьмидесятилетний богач» могло быть дано ребёнку, родившемуся у пожилых родителей, или как оберег на долгую и обеспеченную жизнь. Фамилия редкая, в общероссийских списках частотных фамилий не фигурирует, что говорит о её локальном бытовании в пределах определённого рода или небольшой этнической группы.