Фамилия Сексина — женская форма фамилии Сексин, и её происхождение напрямую связано с мужским вариантом. В основе фамилии лежит прозвище или нецерковное имя Секса. В древнерусском языке слово «секса» или «сексуй» означало «секач», «тот, кто сечёт», «рубщик». Речь шла о человеке, который рубил дрова, работал мясником или занимался любым другим делом, требующим постоянного использования топора или секача. Таким образом, прозвище было профессиональным, а не бытовым или оскорбительным, как могло бы показаться современному уху.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Сексин — «сын Сексы» или «человек из рода Сексы». Это типичная патронимическая модель для северных и центральных регионов России, где фамилии на -ин так же распространены, как и на -ов. Встречаемость фамилии Сексин фиксируется в основном в Поволжье и некоторых областях Центральной России, что косвенно подтверждает её прозвищное, а не книжное происхождение.

Иногда фамилию пытаются связать с латинским sexus («пол»), но это ложная этимология. Никакого отношения к латыни или церковной книжности русское прозвище Секса не имело. В говорах слово «секса» могло также означать «отсечённый кусок», «обрубок» — и тогда прозвище давали коренастому, плотному человеку. В любом случае, предок носительницы фамилии Сексина был, скорее всего, простым ремесленником или крестьянином, чьё прозвище записали в документы при переписи населения.