Фамилия Сексенали — один из тех редких случаев, когда версия о происхождении напрашивается сама собой, но требует оговорок. На первый взгляд корень «секс» наводит на мысль о латинском sex (шесть) или английском sex (пол). Однако в русской ономастике такие прямые заимствования маловероятны для фамилии, которая закрепилась в быту. Скорее всего, перед нами искажённая запись фамилии, возникшей от тюркского или кавказского имени.

Наиболее правдоподобная версия — связь с тюркским именем Сексен (или Сексенбай). В тюркских языках «сексен» означает «восемьдесят». У многих народов (казахов, ногайцев, башкир) числительные давали как имя ребёнку, родившемуся, когда отцу было под восемьдесят, либо в знак долголетия. Фамилия Сексенали — это русская адаптация патронима «Сексен-али», где «али» — арабский компонент «высокий, возвышенный», частый в мусульманских именах (Али, Алибек, Алихан). Таким образом, исходная форма могла быть Сексеналиев или Сексенали, а конечное -и — это либо русский суффикс принадлежности (как в фамилиях Кузнецов, но в иной огласовке), либо след фамилий на -и из грузинского или азербайджанского ареала.

Суффикс -и в конце фамилии нетипичен для великорусской модели. В русских фамилиях окончание -ий (вроде Толстой, Благой) склоняется по-особому, а Сексенали — неизменяемая. Это указывает на то, что фамилия могла прийти из регионов, где русское окончание -ов/-ев не прижилось: из Закавказья, Дагестана или Средней Азии. Встречается она крайне редко, и география бытования, вероятно, узкая — южные области бывшего СССР или диаспора.

Вторая, менее вероятная версия — искусственное происхождение. В советское время при паспортизации могли упростить или переиначить сложную фамилию, состоявшую из двух частей (например, Сексен-Алиев). Клерк мог записать её на слух слитно и без окончания. Если это так, то исходная фамилия звучала как Сексеналиев и означала «потомок Сексенали».

Говорить о сословной принадлежности носителей сложно из-за редкости. Основа имени — Сексен — не княжеская и не дворянская, она бытовала среди простых кочевников и крестьян. Поэтому предки человека с фамилией Сексенали, скорее всего, были скотоводами, земледельцами или ремесленниками в тюркоязычной или кавказской среде.