Фамилия Селезько происходит от прозвища или нецерковного имени Селезь. В древнерусском языке «селезень» — самец утки. Прозвище могли дать человеку за внешность или повадку: например, за неуклюжую, переваливающуюся походку, напоминающую утиную, или за манеру вытягивать шею. В говорах слово «селезень» имело и переносное значение — так могли назвать бойкого, задиристого парня, который «распушает перья» перед девушками.

Суффикс -к-о указывает на украинское или белорусское происхождение. В этих языках фамилии на -ко (Селезько, Селезенко) образуются как уменьшительные или патронимические — буквально «маленький Селезь» или «сын Селезя». Аналогичные модели дали фамилии Селезнёв (русская, с суффиксом -ев) и Селезенко (восточноукраинская). Таким образом, Селезько — южнорусская или украинская версия той же основы, закрепившаяся в фамилии без изменений.

Встречается фамилия преимущественно в Черниговской, Сумской и Полтавской областях, а также в южных районах России, куда переселялись украинские крестьяне в XVII–XVIII веках. Вариант с мягким знаком (Селезь, а не Селез) может указывать на диалектное произношение: в некоторых говорах слово «селезень» звучало как «селезь».

Сословной привязки у фамилии нет: её могли получить и крестьяне, и казаки, и мещане. В реестрах Войска Запорожского встречаются прозвища Селезень, Селезь — отсюда и фамилия потомков. В современной России носители фамилии живут в Краснодарском крае, Ростовской области и Москве.