Фамилия Селезенко образована по одной из самых распространенных в украинской и южнорусской ономастике моделей — с помощью патронимического суффикса -енко. Этот суффикс, буквально означающий «маленький» или «сын», в XVI–XVII веках закрепился на землях современной Украины и юга России. Таким образом, Селезенко — это «сын Селезня». В русском языке селезень — самец утки. Прозвище Селезень могли дать человеку по разным причинам: за характерную походку вразвалку, за манеру вытягивать шею, за голос или даже за склонность к ухаживаниям, как селезень за утками. Встречается это прозвище и в документах XVII века, например, в «Ономастиконе» С. Б. Веселовского упоминается крестьянин Селезень (1495 год, Новгород).

Менее вероятна, но возможна связь с диалектным словом «селезенка» — так в некоторых говорах называли селезенку (внутренний орган). В таком случае прозвище мог получить мясник или человек, имевший отношение к разделке туш, — но эта версия уступает первой по распространенности и логике словообразования. Фамилия образована от имени-прозвища, а не от названия органа, что типично для славянской модели.

Селезенко — фамилия, которая почти не встречается за пределами восточнославянского ареала. Ее географическое ядро — Украина (особенно Черниговская, Полтавская, Сумская области) и прилегающие регионы России (Белгородская, Курская, Воронежская области). Это объясняется тем, что суффикс -енко в XVII–XVIII веках был маркером казацкой и крестьянской среды Левобережной Украины. Позже, с миграциями, фамилия распространилась шире, но сохранила южный «отпечаток».

Интересно, что фамилия Селезенко имеет «двойников» с той же основой, но другими суффиксами: Селезнев (русский вариант на -ев), Селезнёв (с ударением на ё), а также Селезнёвский. Все они восходят к одному прозвищу, но разное оформление указывает на разные регионы и социальные слои. Селезенко — самый «украинский» вариант, в то время как Селезнев типичен для севера и центра России, где суффикс -ев был стандартным для образования фамилий от основ на мягкий согласный.

Сословно носители фамилии Селезенко в большинстве своем происходили из крестьян, казаков или мещан. В ревизских сказках XIX века эта фамилия встречается среди государственных крестьян и однодворцев южных губерний. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — это еще раз подтверждает ее «народное» происхождение.