Фамилия Селезенев входит в обширную группу русских «птичьих» фамилий, образованных от мирских имен. В ее основе лежит имя или прозвище Селезень — так на Руси называли самца утки. Слово это древнее, общеславянское, и выбор его для имени человека не случаен: в фольклоре утка и селезень устойчиво олицетворяют пару — девушку и парня. Поэтому первую и наиболее правдоподобную версию происхождения связывают с родительским пожеланием: называя сына Селезнем, надеялись, что он найдет свою «утку» и брак его будет счастливым и ладным.

Однако есть и другие пути, по которым прозвище могло закрепиться за родоначальником. Селезнем могли прозвать гордеца, любившего покрасоваться, — по аналогии с ярким, нарядным оперением селезня. В новгородских говорах существовало слово «селезняк» — горшок для щей. В таком случае прозвище Селезень мог получить либо заядлый любитель этого блюда, либо гончар, делавший такие горшки. А в тверских и псковских землях бытовало ласкательное обращение «селезёночка» — так звали милую, голубушку, что также могло отразиться в прозвище, указывая на характер предка.

Сама фамилия образовалась по стандартной для русских фамилий модели: к основе «Селезень» добавили притяжательный суффикс -ев-, давший форму «Селезенев» — то есть «сын Селезня», «из рода Селезня». Интересно, что в написании фамилии чаще встречается вариант через «е» — Селезенев, хотя этимологически более строгим выглядело бы написание Селезнёв. Такое расхождение — результат канцелярской традиции XIX века, когда при оформлении документов «ё» часто заменяли на «е». Поэтому потомки одного и того же рода сегодня могут носить разные варианты написания, что не меняет единого происхождения.