Фамилия Селишкова — женская форма фамилии Селишков. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Селишко, которое, скорее всего, образовано от глагола «селить» или существительного «село». Модель типичная для северных и центральных русских говоров: суффикс -к(о) придавал уменьшительно-ласкательный или обиходный оттенок. Селишком могли называть крестьянина, который первым обосновался на новом месте, основал починок или просто выходца из какого-то села. В документах XVII века встречаются крестьяне с прозвищем Селишко — например, в переписных книгах Вятки и Перми Великой.

Менее вероятная, но допустимая версия — связь с топонимом Селище (остатки древнего поселения, городище). В таком случае фамилия указывала бы на человека, жившего близ такого места. Однако суффикс -к- в основе (Селишко, а не Селищев) говорит именно о личном прозвище, а не о географическом названии.

Фамилия редкая, встречается в основном в Вологодской, Кировской и Костромской областях — на территории бывшего Русского Севера, где фамилии на -ов/-ев от прозвищ с суффиксом -к(о) — обычное дело. Селишковы, скорее всего, потомки черносошных (государственных) крестьян, не знавших крепостного права. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано.

Ударение, судя по произносительной норме, падает на второй слог: Селишко́ва. Встречающееся иногда написание через «и» после «ш» (Селишикова) — результат бытовой ошибки или влияния местных говоров, но исторически верна форма с «о»: Селишков.