Фамилия Семегтхина настолько редкая, что её написание — отдельная загадка. В русской ономастике нет устоявшейся модели, которая бы объясняла такое сочетание букв. Скорее всего, перед нами не исходная, а искажённая запись, возникшая при переписи или в документах. Вероятнее всего, фамилию записывали на слух, и исходное звучание могло быть другим.

Если отбросить маловероятный корень, похожий на «семегтх», то логичнее предположить, что в основе лежит слово «семечко» или «семя». В таком случае фамилия могла быть образована от прозвища Семечко — так в крестьянской среде могли назвать мелкого, невысокого человека или того, кто торговал семечками. Однако суффикс «-тхин» для русского языка абсолютно нетипичен. Обычно фамилии на «-ин» образуются от основ, оканчивающихся на «-а» или «-я» (Семечкин — от Семечка). Здесь же мы видим странный вставной слог «-тх-», который может быть результатом ошибки писаря: например, вместо «Семечкина» записали «Семегтхина», перепутав буквы «ч» и «г», или добавив лишнюю согласную.

Второй вариант — фамилия имеет нерусское, возможно, финно-угорское или тюркское происхождение. В языках народов Поволжья или Приуралья встречаются основы, оканчивающиеся на «-тх», которые при русификации могли дать такую форму. Но без конкретной географической привязки (например, если известно, что носители живут в определённой области) это остаётся лишь догадкой.

С точки зрения словообразования фамилия женская (окончание «-а» указывает на принадлежность женщине). Мужской вариант — Семегтхин. В любом случае, это одна из тех фамилий, чья форма — результат живого, не всегда грамотного, документооборота прошлых веков. Точное значение восстанавливается только через архивные записи, если они сохранились.