Фамилия Семеоненко — один из ярких примеров того, как церковное имя, пройдя через народную переработку, закрепилось в украинской и южнорусской антропонимии. Её основа — крестильное имя Симеон (древнееврейское «шема» — «услышанный Богом»). В русской традиции оно дало формы Семён и Симеон, но в южных и западных говорах, а также под влиянием греческого произношения, бытовал вариант Семеон. Именно он лёг в основу этой фамилии.

Словообразовательная модель типична для украинских фамилий на -енко. Суффикс -енко исторически означал «маленький» или «сын», то есть Семеоненко — буквально «сын Семеона». Такие фамилии массово возникали в Поднепровье, на Левобережье и Слобожанщине в XVI–XVII веках, когда фамильная система только складывалась. В отличие от великорусских фамилий на -ов/-ев, которые часто указывали на принадлежность помещику или главе семьи, -енко подчёркивало родство по отцу, но без сословной привязки: так могли назвать и казака, и крестьянина, и мещанина.

Важная деталь: написание через «ео» (Семеоненко), а не через «ё» (Семёненко) — не случайность. Оно выдает либо сознательное следование церковной книжной форме (Симеон), либо диалектное произношение, где звук [о] после мягкого согласного не переходил в [ё]. В современных документах фамилия встречается в обеих орфографиях, но вариант с «ео» — более архаичный и редкий, он чаще фиксируется в старых метрических книгах Черниговской, Полтавской и Харьковской губерний.

С точки зрения происхождения, фамилия Семеоненко — чисто патронимическая, без ремесленной или прозвищной подоплёки. Её носители не обязаны были быть священниками (хотя имя Симеон популярно в церковной среде), но имя отца, скорее всего, дали в честь святого Симеона Богоприимца или Симеона Столпника. Споров о корне здесь нет: все ономасты (включая работы Б. Унбегауна) сходятся на том, что это производное от канонического имени. Единственная альтернативная версия — связь с греческим «семеон» (знак, знамение) — лингвистически маловероятна, так как в славянской среде такие заимствования не образовывали фамилий на -енко.

Сегодня Семеоненко — фамилия, которая по-прежнему концентрируется на востоке Украины и в приграничных областях России (Брянская, Курская, Белгородская). Она не принадлежит к числу самых распространённых, но её носители могут с высокой вероятностью проследить свои корни до казацких или крестьянских родов Левобережья.