Фамилия Семягина — женская форма фамилии Семягин, а та, в свою очередь, образована от прозвища или нецерковного имени Семяга. В основе этого имени лежит древнерусское слово «семя» или «семечко». Обычно так называли невысокого, щуплого человека, либо, напротив, того, кто был «семенист» — плодовит, имел много детей. В народе говорили: «Семя — начало всему», и прозвище могло нести ироничный или ласкательный оттенок.

Суффикс «-яга» в русских прозвищах — редкий и характерный для северных и северо-восточных говоров (ср. Ветряга, Костряга, Худяга). Он придаёт слову оттенок просторечия и фамильярности. Таким образом, Семяга — это не просто «семечко», а «семечко с оттенком уменьшительности или пренебрежения». Фамилии на «-ин» (Семягин) указывают на принадлежность: «чей?» — «Семягин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Семяга.

Стоит отметить, что фамилия могла возникнуть и в среде духовенства: семинаристов нередко награждали «говорящими» фамилиями по названиям растений или по библейским мотивам. «Семя» здесь могло отсылать к евангельской притче о сеятеле, но это менее вероятно, так как суффикс «-яга» для искусственных семинарских фамилий нетипичен. Скорее всего, Семягины — потомки крестьянина или ремесленника, получившего прозвище за малый рост или многодетность.

Фамилия встречается преимущественно в центральных областях России и в Поволжье, особенно в Нижегородской и Костромской губерниях, что подтверждает её северное происхождение. Встречаются варианты написания Семегин (через «е») — это диалектное «яканье» или описка в документах, но корень остаётся тем же.